Образ «мужика из народа» помог Евдокимову занять сначала второе место в первом туре губернаторских выборов в марте 2004 года, а затем, в ходе следующего тура, победить действовавшего на тот момент главу региона Александра Сурикова.
При этом в местном парламенте — краевом Заксобрании — в большинстве оказались сторонники проигравшего губернатора, что и предопределило крайне напряженные отношения между Евдокимовым и депутатским корпусом. Найти общий язык друг с другом они так и не смогли.
Законодательное собрание дважды — в феврале и марте 2005 года — выносило губернатору вотум недоверия при поддержке основных политических сил региона. Парламентарии обвиняли бывшего юмориста в неспособности эффективно решать кадровые вопросы, падении промышленного производства, общем ухудшении социально-экономического положения края и нежелании вникать в его проблемы.
В коридорах власти местной администрации ситуация во времена Евдокимова действительно была весьма нестабильной. За месяцы своего руководства краем бывший юморист сменил 17 заместителей, которых сам же до этого и назначил, а также множество секретарей. По словам губернатора, сам он никого не выгонял, и люди уходили по собственному желанию.
.
Показательный случай — уход с поста в июле 2004 года экс-председателя комитета по образованию Сергея Химочки, что вызвало серьезный ропот в регионе. Так, депутат местного заксобрания Нина Данилина тогда прямо заявила, что законодатели не понимают кадровой политики губернатора. По ее словам, увольнение Химочки тем более странно, что сам Евдокимов за несколько недель до этого повысил его в должности до исполняющего обязанности замглавы региона.
В вину губернатору ставилась и его опора на внешние кадры. Придя к власти, он пообещал взять на работу выпускников алтайских вузов, однако вскоре в администрации оказались специалисты из Краснодара, Ростова-на-Дону, Новосибирска и других регионов.
Апогея кадровый кризис достиг в мае 2005 года. Евдокимов предложил подать в отставку своим замам, главам управлений и комитетов администрации. В итоге большая часть его команды написала заявления об уходе.
К моменту первого вотума недоверия депутаты вовсю обвиняли губернатора в снижении темпов экономического роста. Кроме того, парламентарии были недовольны срывом отопительного сезона 2004-2005 годов.
.
В распространенном заявлении 21 партии и общественной организации края говорилось о низких темпах исполнения закона о монетизации льгот. Непростая ситуация складывалась и в сельском хозяйстве. Отмечалось, что за 2004 год произошло самое большое падение поголовье скота в регионе за последние пять лет.
Фиксировалось и падение темпа промышленного производства — в два раза по сравнению с 2003 годом. Тяжелая ситуация возникла на крупных предприятиях региона. Периодически производства вставали из-за нехватки угля, начались сокращения персонала.
В конце июля Евдокимов представил программу вывода Алтайского края из кризиса. Помимо прочего там говорилось о немалых запасах нефти в регионе, которой можно загрузить нефтеперерабатывающий завод, тем самым избежав «холодной зимы».
Однако оказалось, что в реальности на территории края есть лишь несколько мест, где может быть черное золото. Однако его залежи там не разведаны, и даже если такое решение будет принято, то реализация потребует огромных денег, сравнимых с несколькими бюджетами края.
Не добавляли политических очков губернатору и его частные и продолжительные командировки, в которых он проводил большую часть своего рабочего времени.
.
Так, в конце июня 2004 года он на целую неделю убыл в Москву. Это вызвало недовольство депутатского корпуса, который как раз в эти дни собрался на сессию, где обсуждались важные поправки к Уставу региона.
Сам Евдокимов был уверен, что против него плетется заговор во главе которого стоит бывший губернатор Суриков. Между тем газета «Коммерсант» в мае 2005 года писала о непростых отношениях между губернатором и полпредом президента в Сибирском федеральном округе Анатолием Квашниным.
Последний якобы предлагал Евдокимову формально сохранить должность, ограничившись публичными выступлениями и официальными мероприятиями. Заниматься же проблемами региона должен был один из местных управленцев. Но пойти на передачу реальных полномочий губернатор отказался.
В подвешенном состоянии ситуация на Алтае оставалась до трагической гибели Евдокимова. В августе 2005 года его автомобиль на большой скорости вылетел с дороги и врезался в дерево.
